Existen distintas versiones sobre el posible origen del nombre de Lanaja.

Por un lado hay una versión que lo hace derivar del nombre de una víbora procedente de Arabia a la que se denomina naja, animal de pequeño tamaño pero de un veneno poderoso y letal. No se sabe si el nombre proviene de la forma serpenteante que tienen las calles del pueblo o del poder que en un tiempo tuvo Lanaja.

Hay una segunda versión, proporcionada por Julián Abad, que cree que el nombre procede de un general árabe, llamado Al Naixa, que procedente de un poblado cercano, había acudido en ayuda de tropas árabes para luchar contra el rey Alfonso el Batallador, en los alrededores de Poleñino, donde fueron vencidos. Según esta opinión, por trasliteración de Al (La) Naixa (Naxa), teniendo en cuenta que hasta el siglo XVII, en castellano, la x se pronunciaba j, quedaría el nombre de Lanaxa o Lanaja.