La historia de Lanaja puede remontarse al período romano o inmediatamente posterior.

No existen documentos fehacientes que nos aclaren el momento de su fundación ya que, si los había, han desaparecido.

En la parte superior del Saso quedan restos de lo que, parece ser, fue un castillo de la época visigoda que fue transformado por los árabes cuando realizaron su conquista del poblado.

De la época visigoda, suponiendo que fuese así, sólo quedan unos muros en lo alto del Saso, que ahora están a ras del suelo, pero que por la construcción no corresponden a la forma característica de los árabes. Formarían los cimientos del castillo que debió estar construido en lo alto para la defensa del pueblo. Debajo de él y ya en la parte llana quedarían los cimientos de la Iglesia , que debieron construir allí para el culto de los fieles.

Con la conquista por parte de los árabes, parece ser, que se realizaron cambios en el castillo, al que se debió comunicar con la iglesia en donde construyeron su mezquita. Además de estos restos, quedan también las obras realizadas en lo que hoy es la Cartuja de la Virgen de las Fuentes, donde debieron construir algún palacio, puesto que quedan todavía las galerías realizadas desde la Sierra para traer el agua existente en la capa freática, y con la que regarían los jardines. De todos es sabida la lucha constante de los árabes por poseer el agua necesaria que convirtiera en vergeles los sitios donde ellos vivían, dada su procedencia del desierto, y además, debió existir algo más, de lo que no queda ni rastro de su existencia, pero sí el nombre raro de una de las balsas, existente en donde hoy está el Hogar del Jubilado, y que debía ser desde siempre ya que se le ha conocido con el nombre de “Balsa de los tres castillos”. ¿Por qué? Es una cosa de la que nadie me ha sabido dar una explicación.

Con la Reconquista , Lanaja pasó a dominio de los Reyes de Aragón con Pedro II alrededor del año 1.212, y lo primero que hicieron fue derruir la mezquita y levantar la Iglesia , de estilo gótico, pero respetando el emplazamiento y la forma de la misma.

Jaime I entregó el municipio a la Orden de San Juan, con sede en el Monasterio de Sigena, y de este monasterio dependía en todos los aspectos como feudo donado por el Rey. Aquí se pagaban todos los tributos e, incluso se construyo una dependencia conocida como” el granero de la diezma” en donde se entregaban la décima parte de las cosechas de cereales, aceite y vino, entre otras cosas, con destino a los clérigos que el monasterio tenía en el pueblo y los excedentes eran enviados al Monasterio para que este comerciara con ellos y tuvieran dinero contante y sonante. Llegó el momento en que las dependencias se hicieron pequeñas y durante el siglo XVI se construyó uno nuevo, que está al lado de la iglesia de la Asunción.

La dependencia del Monasterio duró hasta mediados del siglo XVIII, momento en el que Lanaja dejó de pertenecerle y empezó su vida como municipio independiente con los límites que ya el rey Alfonso I había marcado al hacer entrega a la Orden Sanjuanista.

Con el tiempo, en 1507, se establecieron los Cartujos de San Bruno en lo que hoy es la Cartuja de la Virgen de Las Fuentes. En el siglo XIX desaparecieron los cartujos y con la desamortización de Mendizábal, paso a manos del actual dueño, la casa de Bastaras, que al adquirirlo, como los impuestos eran mas baratos en Sariñena, la registró como perteneciente a ese municipio a pesar de que, desde siempre, ha sido utilizada por los habitantes de Lanaja a la hora de ir a pedir a la Virgen que les trajera las lluvias necesarias para salvar sus cosechas, Hoy la DGA pretende que pase a ser propiedad de la Mancomunidad como Bien Cultural por el valor artístico que representan sus 2000 metros cuadrados de pinturas al fresco realizadas por Manuel Bayeu, cuñado de Goya , que estuvo de monje en esta Cartuja..

Lanaja padeció la invasión francesa y las guerras carlistas, así como la guerra civil, en donde los nacionales entraron dos veces, una, el 25 de julio de 1.936, para rescatar a las familias de militares de Franco y después para conquistarla definitivamente. Tanto uno como otro bando dejaron muy malos recuerdos en el pueblo, unos porque destruyeron las obras de arte que había en la iglesia y la documentación existente y los otros porque fusilaron a bastante gente después de hacer pasar mucho miedo a todo el pueblo. Todavía se conserva en lo alto del Saso, entre la Cooperativa y la zona de la Balsa de los tres castillos, un monolito, conocido por el “monolito de los falangistas”, donde murieron 1 alférez y 6 falangistas cuando intentaron entrar el día 24 de julio del 1936

En el archivo Nacional de Madrid, en la sección del clero se guardan algunos pergaminos y un legajo de papeles de la casa de los Cartujos de Nuestra Sra. de Las Fuentes, de Lanaja; el documento más antiguo es de 1.190 y se ha salvado también un inventario de 1.713 con los documentos que entonces poseía el Archivo de Lanaja.